1954年，我国第一部宪法公布，实行人民代表制度。根据1954年12月全国政协第二届委员会第一次会议通过的《政协章程》，广西省政协第一届委员会第一次会议于1955年2月召开，宣告省政协成立。1958年3月，广西壮族自治区成立，省政协从第二届委员会第一次会议起改称自治区政协。到1966年5月，自治区政协历经三届，历时12年。在这期间，自治区政协认真贯彻中国共产党的一系列正确方针政策，在参与地方重要事项的协商讨论、做好团结知识分子的工作等方面做了不少工作，发挥了统一战线组织的作用。
　　1956年12月，省政协一届二次会议协商讨论中共广西省委提交的关于成立广西壮族自治区的问题，会议一致同意在广西全境建立广西壮族自治区的方案。1957年3月，全国政协邀请广西各界人士39人赴京参加座谈会，与在京的广西籍政协委员以及在北京、上海、广州、武汉、长春等地工作的广西籍人士91人，就成立广西壮族自治区问题进行协商讨论。全国政协主席周恩来主持会议并作了重要讲话。与会人员加深了对成立广西壮族自治区的重要性和必要性的认识，绝大多数人主张把广西改建为广西壮族自治区，而不同意将广西一分为二：西部为自治区、东部为广西省的方案。省政协在筹备成立广西壮族自治区工作中，发挥了非中共人士的积极作用。
　　1959年以后，自治区政协全会和人民代表大会同时召开，自治区政协委员列席人民代表大会，听取政府工作报告、财政预决算报告和其他有关报告，参与自治区重大方针政策和重要事务的协商讨论。
　　1959年7月，自治区政协邀请60岁以上在邕委员和有关人士举行座谈会，传达贯彻全国政协主席周恩来倡导人民政协开展文史资料工作的讲话精神，并讨论确定在广西开展收集撰写太平天国以来的文史资料。随后，自治区政协建立文史资料研究委员会，有计划地开展收集“五四”运动在广西、有关广西护法战争、孙中山北伐在广西的资料，有关陆荣廷、谭浩明统治广西（包括他们在省外活动）以及马君武、张其煌在广西主政的资料，大革命时期在广西的资料和有关李宗仁、白崇禧统治广西的资料，广西人士参加抗日战争的资料等。至“文化大革命”前的7年间，共征集各种文史资料5331多篇，2220多万字，并出版《文史资料选辑》6期。
　　1961年，自治区政协为了团结各界人士，推动文化工作，先后建立书画、诗歌、戏剧、历史、医药卫生5个研究会，广西著名书画家马万里、林宝航、李墨馨、阳太阳、黄独峰、帅楚坚等30余人参加书画篆刻研究会，创作国画、油画、水彩画300多幅和多种书法作品。诗歌研究会举行各种学术座谈会，座谈唐代诗人杜甫的诗作“三吏”和“三别”，座谈毛泽东主席60年代初期发表的10首诗词的思想性和艺术性，先后创作诗歌1200多首。历史、戏剧研究会座谈历史人物陆荣廷的评价问题和对《金田起义》、《天国风云》等剧本的评价。医药卫生研究会座谈当时流行的肝炎病的诊断等问题。
　　在这期间，自治区政协贯彻中共中央《关于统一战线工作的指示》，参与协商有关国家政治生活和统一战线的重大问题，如对资本主义工商业的改造、人民代表和人民政府委员的候选名单等。为扩大团结面，巩固和发展统一战线，自治区政协对各方面有一定代表性和有影响的人士，只要拥护社会主义，或者只要爱国，一般都安排为政协委员。一届到三届，自治区政协委员由179人增至408人，界别也由24个增至26个。
　　但是，1957年反右扩大化以后，自治区政协受“左”的干扰日趋严重，各项工作都强调以阶级斗争为纲，学习以阶级教育为中心。政治协商活动越来越少，第三届政协常委会只开过4次，全会只开了两次就没有再开了。工作组活动停滞不前，学习活动变成整人，正常的民主生活受到破坏，过去那种“百花齐放、百家争鸣”的气氛不见了。
　　1966年5月，“文化大革命”开始，自治区政协首当其冲受到冲击。1967年1月受上海“一月风暴”的影响，群众造反组织进行夺权。从此，自治区政协一切活动被迫停止，办公用房被外单位占用。不少委员和民主人士被扣上各种罪名长期挨批斗，财物被查抄，工资和遗属生活费被扣减，部分委员和民主党派人士被长期集中在南宁西乡塘劳动改造。尽管政协委员和民主党派人士身处逆境，但仍拥护共产党的领导，坚持同共产党长期合作的信心没有动摇，始终与共产党风雨同舟，患难与共。